پس از استعفاي دولت موقت به رياست مهندس بازرگان به دليل تسخير لانه جاسوسي آمريكا توسط دانشجويان پيرو خط امام در تهران، اولين انتخابات رياست جمهوري برگزار گرديد و ابوالحسن بني‏صدر توانست با تزوير و عوام فريبي و نشان دادن خود به عنوان پيرو انقلاب و امام به اين مقام دست يابد. بر سر انتخاب نخست‏وزير و مسؤول انتخاب كابينه تا مدت‏ها بحث و اختلاف وجود داشت تا اين كه با نظر مثبت حضرت امام و رأي اعتماد مجلس شوراي اسلامي، شهيد رجايي به نخست وزيري رسيد و مأمور تشكيل كابينه گرديد. وزراي كابينه پس از اخذ رأي اعتماد از مجلس، به عنوان اولين دولت مكتبي، كار خود را در نظام اسلامي آغاز كردند. بني‏صدر در برابر اين انتخاب، در ابتدا بناي مخالفت گذاشت ولي وقتي احساس كرد در مقابل مجلس كاري از پيش نخواهد بُرد، به ناچار با اين انتخاب موافقت نمود. اما در هر فرصت ممكن، از تضعيف شخصيت شهيد رجايي در افكار عمومي خودداري نمي‏كرد. در برابر جسارت‏ها و اهانت‏هاي بني‏صدر به عنوان رئيس جمهور، شهيد رجايي با توجه به حساسيت جوّ موجود، تمامي اين تلخي‏ها و اهانت‏ها را در كمال صبر و بردباري و متانت تحمل نمود و در مواقع لزوم، با ارايه استدلال‏هاي محكم و منطقي، به ايرادات مكرر بني‏صدر پاسخ مي‏داد. در نهايت، كارشكني‏هاي بني‏صدر و اختلاف‏آفريني‏هاي او، كار را به جايي رسانيد كه به بنابه توصيه امام، مجلس شوراي اسلامي مسأله عدم كفايت سياسي او را به بحث گذاشت و با رأي مثبت به آن، بني‏صدر از رياست جمهوري عزل گرديد. پس از آن، انتخابات دوره دوم رياست جمهوري برگزار شد كه به انتخاب شهيد محمدعلي رجايي به اين مقام انجاميد.